Лаборатория системной биологии

Статистика научной деятельности



О лаборатории

Лаборатория системной биологии организована в декабре 2007 года. В лаборатории работают 9 человек, 5 из которых со степенью кандидата биологических наук.

Основным направлением научной деятельности лаборатории является изучение процессов дифференцировки клеток и решение фундаментальных проблем биологии, связанных с изучением размера протеома человека. В качестве объекта исследований определены процессы дифференцировки клеточной линии HL60 и плазма крови человека, соответственно.

Для выполнения проектов сотрудники используют наиболее современные методы, для реализации которых лаборатория оснащена линейкой современного оборудования компании Agilent, которые позволяют выполнять полногеномные транскриптомные, протеомные и метаболомные исследования.

Сотрудниками лаборатории в период 2007-2009 опубликовано 16 работ в отечественных и зарубежных изданиях. На базе лаборатории защищена 1 кандидатская диссертация и 1 дипломная работа.

Тел.: +7 (499) 246-84-65

Сотрудники


Проекты

Текущие проекты

  1. РФФИ (09-04-12127-офи_м «Фундаментальные подходы для оценки размера протеома человека».
  2. Программа «Протеомика в медицине и биотехнологии»
  3. Посконтракт Роснауки № 02.740.11.5006 «Изучение процессов дифференцировки клеток с использованием методов системной биологии и создание алгоритма моделирования процесса дифференцировки».

Результаты

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

  1. Разработаны методы протеомных исследований для наиболее эффективного анализа мембранных белков
  2. Разработаны методы количественного определения без использования изотопных меток.
  3. Разработан подход для определения молекулярных основ токсичности кандидатов лекарственных средств.

Оборудование

ОБОРУДОВАНИЕ

  • Конфокальный лазерный сканер Agilent
  • Масс-спектрометры Agilent 1200 Chip-Cube XCT Ultra ion trap
  • Масс-спектрометр Agilent 1200 Chip-Cube Q-TOF
  • Масс-спектрометр Agilent 1200 QqQ
  • Газовый хроматомасс Agilent 5985 GC-MS
  • Оборудование для электрофореза Bio-Rad
  • Хроматографическое оборудование

Публикации

ПУБЛИКАЦИИ

2009

  1. Buneeva O, Gnedenko O, Zgoda V, Kopylov A, Glover V, Ivanov A, Medvedev A,Archakov A. Isatin-binding proteins of rat and mouse brain: Proteomic identification and optical biosensor validation. Proteomics. 2009 Oct 15.
  2. Lisitsa AV, Petushkova NA, Thiele H, Moshkovskii SA, Zgoda VG, Karuzina II, Chernobrovkin AL, Skipenko OG, Archakov AI. Application of Slicing of One-Dimensional Gels with Subsequent Slice-by-Slice Mass Spectrometry for the Proteomic Profiling of Human Liver Cytochromes P450. J Proteome Res. 2009 Sep 22.
  3. Zgoda VG, Moshkovskii SA, Ponomarenko EA, Andreewski TV, Kopylov AT, Tikhonova OV, Melnik SA, Lisitsa AV, Archakov AI. Proteomics of mouse liver microsomes: performance of different protein separation workflows for LC-MS/MS. Proteomics. 2009 Aug;9(16):4102-5.
  4. А.Т. Копылов, В.Г. Згода, А.И. Арчаков. Количественный масс-спектрометрический анализ содержания белков без использования изотопных меток; Биомедицинская химия 2009 Март;55(2):125-39.
  5. Crumeyrolle-Arias M, Buneeva O, Zgoda V, Kopylov A, Cardona A, Tournaire MC, Pozdnev V, Glover V, Medvedev A. Isatin binding proteins in rat brain: in situ imaging, quantitative characterization of specific [3H]isatin binding, and proteomic profiling. J Neurosci Res. 2009 Sep;87(12):2763-72.
  6. Demina IA, Serebryakova MV, Ladygina VG, Rogova MA, Zgoda VG, Korzhenevskyi DA, Govorun VM. Proteome of the bacterium Mycoplasma gallisepticum. Biochemistry (Mosc). 2009 Feb;74(2):165-74.
  7. Lisitsa AV, Petushkova NA, Nikitin IP, Zgoda VG, Karuzina II, Moshkovskii SA, Larina OV, Skipenko OG, Polyschuk LO, Thiele H, Archakov AI. One-dimensional proteomic mapping of human liver cytochromes p450. Biochemistry (Mosc). 2009 Feb;74(2):153-61.
  8. Archakov A, Ivanov Y, Lisitsa A, Zgoda V. Biospecific irreversible fishing coupled with atomic force microscopy for detection of extremely low-abundant proteins. Proteomics. 2009 Mar;9(5):1326-43.

2007

  1. А.Т. Копылов, В.Г. Згода. Количественные методы в протеомике. Биомедицинская химия 2007 Ноябрь;53(6):613-43.
  2. Krotov GI, Krutikova MP, Zgoda VG, Filatov AV. Profiling of the CD4 receptor complex proteins. Biochemistry (Mosc). 2007 Nov;72(11):1216-24.
  3. Archakov AI, Ivanov YD, Lisitsa AV, Zgoda VG. AFM fishing nanotechnology is the way to reverse the Avogadro number in proteomics. Proteomics. 2007 Jan;7(1):4-9.
  4. Filatov AV, Krotov GI, Zgoda VG, Volkov Y. Fluorescent immunoprecipitation analysis of cell surface proteins: a methodology compatible with mass-spectrometry. J Immunol Methods. 2007 Jan 30;319(1-2):21-33. Epub 2006 Oct 13.

2006

  1. Zgoda V, Tikhonova O, Viglinskaya A, Serebriakova M, Lisitsa A, Archakov A. Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level. Proteomics. 2006 Aug;6(16):4662-70.

Партнеры


ПАРТНЕРЫ

  • Институт биоорганической химии РАН
  • НИИ Физико-Химической Медицины
  • Университет г. Берген, Норвегия
  • Компания «Biobase», Вольфенбюттель Германия