Лаборатория межмолекулярных взаимодействий

Статистика научной деятельности



О лаборатории


Лаборатория создана в 2006 году
Зав. лабораторией — д.б.н., профессор Иванов Алексей Сергеевич (тел. +7 (499) 246-36-93), эл. почта: alexei.ivanov@ibmc.msk.ru
Штат лаборатории — 8 сотрудников
Расположение — ИБМХ, корпус 1, этаж 5, комнаты 504/505, 509

Тел.: +7 (499) 246-71-15; +7 (499) 246-36-93

Основные направления исследований:

  1. Экспериментальная интерактомика белков 18-ой хромосомы человека (в рамках проекта «Протеом человека»)
  2. Межмолекулярные взаимодействия типа:
    • белок-белок;
    • белок-лиганд;
    • белок-ДНК(РНК);
    • белок-липид;
    • олигомеризация белков;
    • межмолекулярные взаимодействия в мембранных системах.
  3. Биосенсорный скрининг прототипов лекарств и физиологически активных веществ:
    • ингибиторы белок-белковых взаимодействий;
    • ингибиторы ферментов.
  4. Технологии биосенсорной диагностики:
    • усиление биосенсорного сигнала с помощью наноматериалов;
    • биосенсорный анализ биомаркеров социально значимых заболеваний;
    • одновременный анализ нескольких белков-маркеров в одной пробе.
  5. Учебный процесс:
    • участие в проведении спецкурса по выбору «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» для студентов 6 курса РНИМУ им. Н.И. Пирогова;
    • выполнение курсовых и дипломных работ студентов РНИМУ им. Н.И. Пирогова;
    • аспиранты РАМН.

Сотрудники


Проекты

ПРОЕКТЫ

Текущие проекты

  1. Экспериментальная интерактомика белков 18-ой хромосомы человека (в рамках проекта «Протеом человека»)
  2. Гос. контракт № 02.740.11.0306 «Фундаментальные методы протеомного профилирования плазмы крови человека в норме и патологии» (2009-2013 г.г.).
  3. Грант РФФИ 11-04-01163-а «Влияние гравитационной разгрузки на содержание изатин-связывающих белков у мышей при экспериментальном моделировании на земле и в условиях орбитального космического полета» (2011 — 2013 г.г.) — тема включена в программу научных исследований на биологическом спутнике БИОН-М №1.
  4. Грант РФФИ 11-04-01367-а «Влияние межвидовых различий в аминокислотной последовательности бета-амилоида болезни Альцгеймера на образование металл-зависимых комплексов и олигомеров» (2011- 2013 г.г.) — совместно с ИМБ РАН.
  5. Грант РФФИ 11-04-01179-а «Получение и сравнительное структурно-функциональное исследование полипептидов комбинаторной библиотеки семейства Кунитца морской актинии Heteractis crispa» (2011 — 2013 г.г.) — совместно с ТИБОХ ДВО РАН.
  6. Грант РФФИ 11-04-01769-а «Исследование взаимосвязи катаболических и анаболических сигнальных систем скелетных мышц в условиях функциональной разгрузки» (2011 — 2013 г.г.) — совместно с ИМБП РАН.

Завершенные проекты

  1. Гос. контракт № 16.740.11.0372 от 26 ноября 2010 г. «Интерактомика белков 18-ой хромосомы человека» (2010 — 2012 г.г.).
  2. Гос. контракт № 16.552.11.7001 от 29 апреля 2011 г. «Разработка стандартных операционных процедур комплексного исследования взаимодействий белков 18-ой хромосомы человека в рамках проекта «Протеом человека»» (2011 — 2012 г.г.).
  3. Грант РФФИ 11-04-97089-р_поволжье_а «Исследование действия цитотоксических агентов на процессы убиквитин-зависимой репарации повреждений ДНК» (2011 — 2012 г.г.) — совместно с ГОУ ВПО НижГМА Росздрава.
  4. Грант РФФИ 11-04-01107-а «Исследование специфичности молекулярного узнавания в системе цитохрома Р450(51) человека» (2011 — 2012 г.г.).

Оборудование

Базовое оборудование для научных работ:

  • Оптический биосенсор Biacore-3000 (GE HealthCare) (США) (2006 г.)
  • Оптический биосенсор Biacore-Т100 (GE HealthCare) (США) (2009 г.)- в 2011 г. модернизирован до модели T200
  • Оптический биосенсор Biacore-3000 (GE HealthCare) (США) (2011 г.)
  • Оптический биосенсор Biacore-Х100 (GE HealthCare) (США) (2012 г.)
  • Модульный комплект для спектральных измерений Ocean Optics (США) (2010 г.)
  • Коррелометр Malvern Zetasizer uV (Англия) (2011 г.)
  • Лабораторный мини-робот Solo (Hudson, США) (2011 г.)
  • Оборудование комплектной биохимической лаборатории (Jurgens, Германия) (2008, 2010 г.г.)
  • Жидкостной хроматограф Akta Purifier 10 (GE HealthCare) (США) (2012 г.)

Публикации

ПУБЛИКАЦИИ

2013

  1. Oksana V. Gnedenko, Yury V. Mezentsev, Andrey A. Molnar, Andrey V. Lisitsa, Alexis S. Ivanov and Alexander I. Archakov Highly sensitive detection of human cardiac myoglobin using a reverse sandwich immunoassay with a gold nanoparticle-enhanced SPR biosensor. Analytica Chimica Acta, 2013, 759, 105–109.
  2. Victor G. Zgoda, Arthur T. Kopylov, Olga V. Tikhonova, Alexander A. Moisa, Nadezhda V. Pyndyk, Tatyana E. Farafonova, Svetlana E. Novikova, Andrey V. Lisitsa, Elena A. Ponomarenko, Ekaterina V. Poverennaya, Sergey P. Radko, Svetlana A. Khmeleva, Leonid K. Kurbatov, Aleksey D. Filimonov, Nadezhda A. Bogolyubova, Ekaterina V. Ilgisonis, Aleksey L. Chernobrovkin, Alexis S. Ivanov, Alexei E. Medvedev, Yury V. Mezentsev, Sergei A. Moshkovskii, Stanislav N. Naryzhny, Elena N. Ilina, Elena S. Kostrjukova, Dmitry G. Alexeev, Alexander V. Tyakht, Vadim M. Govorun, Alexander I. Archakov Chromosome 18 transcriptome profiling and targeted proteome mapping in depleted plasma, liver tissue and HepG2 cells. J. Proteome Res. 2013, 12, 123-134.

2012

  1. P.V. Ershov, O.V. Gnedenko, A.A. Molnar, A.V. Lisitsa, A.S. Ivanov, A.I. Archakov Kinetic and thermodynamic analysis of dimerization inhibitors binding to HIV protease monomers by surface plasmone resonance. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 2012, 6(1), 94-97.
  2. A. S. Ivanov, P. V. Ershov, Yu. V. Mezentsev, E. V. Poverennaya, A. V. Lisitsa, and A. I. Archakov Protocols of Protein Interactomics: Molecular Fishing on Optical Chips and Magnetic Nanoparticles. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 2012, 6(2), 199–106.
  3. Pavel Ershov, Yury Mezentsev, Oksana Gnedenko, Dmitry Mukha, Aleksei Yantsevich, Vladimir Britikov, Leonid Kaluzhskiy, Evgeny Yablokov, Andrey Molnar, Alexis Ivanov, Andrey Lisitsa, Andrey Gilep, Sergey Usanov, Alexander Archakov Protein interactomics based on direct molecular fishing on paramagnetic particles: experimental simulation and SPR validation. Proteomics, 2012, 12, 3295–3298.
  4. Ю.В. Мезенцев, А.А. Мольнар, Н.Н. Соколов, В.Б. Лисицына, А.С. Иванов, А.И. Арчаков Специфичность молекулярного узнавания при олигомеризации бактериальных L-аспарагиназ. Биомедицинская химия, 2012, 58(1), 50-64.
  5. А.С. Иванов Исследование межмолекулярных взаимодействий с помощью оптических биосенсоров, работающих на эффекте поверхностного плазмонного резонанса. Современные технологии в медицине, 2012, 4, 142-153.

2011

  1. A.S. Ivanov, V.G. Zgoda, A.I. Archakov Technologies of Protein Interactomics: A Review. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 2011, 37(1), 4–16.
  2. Yu. V. Mezentsev, A. A. Molnar, N. N. Sokolov, V. B. Lisitsina, M. A. Shatskaya, A. S. Ivanov, A.I. Archakov Specificity of Molecular Recognition in Oligomerization of Bacterial L-Asparaginases. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 2011, 5(2), 124–134.
  3. Иванов А.С. Основные принципы конформационного разнообразия белков для медико-биологов. Биомедицинская химия, 2011, 57(1), 31-60.
  4. Sergey A. Kozin, Yuri V. Mezentsev, Alexandra A. Kulikova, Maria I. Indeykina, Andrey V. Golovin, Alexis S. Ivanov, Philipp O. Tsvetkov, Alexander A. Makarov Zinc-induced dimerization of the amyloid-b metal-binding domain 1–16 is mediated by residues 11–14. Mol. BioSyst., 2011, 7, 1053–1055.
  5. Gabibov AG, Belogurov AA Jr, Lomakin YA, Zakharova MY, Avakyan ME, Dubrovskaya VV, Smirnov IV, Ivanov AS, Molnar AA, Gurtsevitch VE, Diduk SV, Smirnova KV, Avalle B, Sharanova SN, Tramontano A, Friboulet A, Boyko AN, Ponomarenko NA, Tikunova NV. Combinatorial antibody library from multiple sclerosis patients reveals antibodies that cross-react with myelin basic protein and EBV antigen. FASEB J., 25(12), 4211-4221.

2010

  1. Rakhmetova S.Yu., Radko S.P., Gnedenko O.V., Bodoev N.V., Ivanov A.S., Archakov A.I. Photoaptameric heterodimeric constructs as a new approach to enhance the efficiency of formation of photocrosslinks with a target protein. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 2010, 4(1), 68–74.
  2. S.Yu.Rakhmetova, S.P.Radko, O.V.Gnedenko, N.V.Bodoev, A.S.Ivanov and A.I.Archakov Comparative thermodynamic analysis of thrombin interaction with anti-thrombin aptamers and their heterodimeric construct. Biochemistry (Moscow) Supplemental Series B: Biomedical Chemistry, 2010, 5(2), 139-143.
  3. O.A. Buneeva, O.V. Gnedenko, V.I. Fedchenko, A.S. Ivanov, A.E. Medvedev The interaction of human cytokeratins with isatin analogues. Biochemistry (Moscow) Supplemental Series B: Biomedical Chemistry, 2010, 4(1), 107-111.
  4. Olga Buneeva, Oksana Gnedenko, Victor Zgoda, Arthur Kopylov, Vivette Glover, Alexis Ivanov, Alexei Medvedev, Alexander Archakov Isatin binding proteins of rat and mouse brain: proteomic identification and optical biosensor validation. Proteomics, 2010, 10, 23-37.
  5. О.В. Гнеденко, Ю.В. Мезенцев, А.А. Мольнар, А.С. Иванов, А.И. Арчаков Использование наночастиц золота для усиления сигнала оптического биосенсора при детекции кардиомиоглобина в сыворотке крови. Молекулярная медицина, 2010, 4, 52-54.
  6. Elena Suprun, Tatiana Bulko, Alexander Lisitsa, Oksana Gnedenko, Alexis Ivanov, Victoria Shumyantseva, Alexander Archakov Electrochemical nanobiosensor for express diagnosis of acute myocardial infarction in undiluted plasma. Biosensors and Bioelectronics 25 (2010) 1694–1698.
  7. Alexis S. Ivanov, Oksana V. Gnedenko, Andrey A. Molnar, Alexander I. Archakov, Larissa M. Podust The Second FMN Binding Site of Yeast NADPH-Cytochrome P450 Reductase is Highly Specific. ACS Chemical Biology, 2010, 5(8), 767-776.

2009

  1. German Stepanov, Oksana Gnedenko, Andrey Mol’nar, Alexis Ivanov, Yuri Vladimirov, Anatoly Osipov Evaluation of cytochrome c affinity to anionic phospholipids by means of surface plasmon resonance. FEBS Lett. 2009, 583, 97–100.
  2. Ershov P., Gnedenko O., Molnar A., Lisitsa A., Ivanov A., Archakov A. Biosensor analysis of the interaction of potential dimerization inhibitors with HIV-1 protease. Biochemistry (Moscow) Supplemental Series B: Biomedical Chemistry, 2009, 3(3), 272-288.
  3. S.P. Rad’ko, S.A. Voronina, A.V. Gromov, O.V. Gnedenko, N.V. Bodoev, A.S. Ivanov, K.N. Yarygin Use of Oligonucleotides Conjugated to Gold Nanoparticles and Streptavidin for Amplifi cation of Optical Biosensor Signal during Detection of Telomeric Repeats. Bull. Exp. Biol. Med., 2009, 147(6), 746-749.

2008

  1. Степанов Г.О., Гнеденко О.В., Мольнар А.А., Иванов А.С., Владимиров Ю.А. Поверхностный плазмонный резонанс в изучении сродства фосфолипидов к цитохрому с. Вестник РГМУ, 2008, 61(2), 336.

2007

  1. I.N. Sokotun, O.V. Gnedenko, A.V. Leychenko, M.M. Monastyrnaya, E.P. Kozlovskaya, A.A. Molnar, A.S. Ivanov Study of the interaction of trypsin inhibitor from the sea anemone Radianthus macrodactylus with proteases. Biochemistry (Moscow) Supplemental Series B: Biomedical Chemistry, 2007, 1(2), 139-142.
  2. Ivanov A.S., Gnedenko O.V., Molnar A.A., Mezentsev Y.V., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Protein-protein interactions as new targets for drug design: virtual and experimental approaches. J Bioinform Comput Biol. 2007, 5(2b), 579-592.
  3. Yu.V. Mezentsev, A.A. Molnar, O.V. Gnedenko, Yu.V. Krasotkina, N.N. Sokolov, A.S. Ivanov Oligomerization of L-asparaginase from Erwinia carotovora. Biochemistry (Moscow) Supplemental Series B: Biomedical Chemistry, 2007, 1(1), 58-67.
  4. А.С. Иванов Основные принципы молекулярного конформационного анализа для медико-биологов. Биомедицинская химия, 2007, 53(6), 713-728.

2006

  1. Иванов А.С., Веселовский А.В., Дубанов А.В., Скворцов В.С., Арчаков А.И. Интегральная платформа «От гена до прототипа лекарства» in silico и in vitro. Российский химический журнал, 2006, т. L, №2, 18-35.
  2. Ivanov A.S., Veselovsky A.V., Dubanov A.V., Skvortsov V.S. Bioinformatics platform development: from gene to lead compound. Methods Mol. Biol. 2006, 316, 389-431.
  3. Ю.В. Мезенцев, А.А. Мольнар, О.В. Гнеденко, Ю.В. Красоткина, Н.Н. Соколов, А.С. Иванов Олигомеризация L-аспарагиназы из Erwinia carotovora. Биомедицинская химия, 2006 том 52, вып. 3, с. 258-271.
  4. И.Н. Сокотун, О.В. Гнеденко, Е.В. Лейченко, М.М. Монастырная, Э.П. Козловская, А.А. Мольнар, А.С. Иванов Исследование взаимодействия ингибитора трипсина из актинии Radianthus macrodactylus с различными протеиназами. Биомедицинская химия, 2006, 52(6), 595-600.
  5. Ivanov A.S., Gnedenko O.V., Molnar A.A., Mezentsev Yu.V., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Protein-protein interactions as new targets for drug design: interactive links between virtual and experimental approaches. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2006), Novosibirsk, 2006, Russia, v.1, 277-281.
  6. Ivanov A.S., Poroikov V.V., Archakov A.I. Bioinformatics Education In The Institute Of Biomedical Chemistry Rams: Course «Bioinformatics – The Way From Gene To Drug» And Special Course «Bioinformatics And Computer-Aided Drug Design» Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2006), Novosibirsk, 2006, Russia, v.3, 262-265.

Партнеры

ПАРТНЕРЫ

  • Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова (РНИМУ им. Н.И. Пирогова) (Москва)
  • Институт молекулярной биологии РАН (Москва)
  • Институт биоорганической химии РАН (Москва)
  • Химический факультет МГУ (Москва)
  • Биологический факультет МГУ (Москва)
  • Тихоокеанский институт биоорганической химии ДВО РАН (ТИБОХ) (Владивосток)
  • ГОУ ВПО НижГМА Росздрава (Нижний Новгород)
  • GE Healthcare (Москва)