Лаборатория медицинской протеомики

Статистика научной деятельности



О лаборатории

Лаборатория медицинской протеомики (ранее — лаборатория диагностической протеомики) была создана в 2005 году. Основным направлением работы лаборатории с момента ее создания было выявление потенциальных биомаркеров различных мультифакторных заболеваний (прежде всего, злокачественных опухолей) с использованием высокотехнологичных протеомных методов. В настоящее время это направление трансформировалось в исследование ракового протеома с использованием протеогеномного подхода, то есть с использованием экзомных и транскриптомных данных. В условиях быстрого накопления данных по последовательностям ракового генома очень важно выяснить, какие из соматических мутаций, встречающихся в раковых опухолях, экспрессируются на белковом уровне и могут быть выявлены протеомными методами.

В лаборатории проводится обширная биоинформатическая работа по обработке протеомных и геномных данных, имеющихся в открытом доступе в Интернете. Кроме того, совместно с лабораторией системной биологии, проводятся собственные исследования на раковых клеточных линиях и образцах раковых тканей по протеомному анализу и детектированию специфичных для рака полиморфизмов. Основным подходом является создание персонализированных баз данных раковых мутаций и последующая обработка с их помощью масс-спектрометрических данных.

Еще одним направлением исследований в лаборатории медицинской протеомики является поиск потенциальных биомаркеров глаукомы в образцах жидкости передней камеры глаза. Собрана обширная коллекция образцов жидкости передней камеры глаза, полученной при операции по замене хрусталика глаза при катаракте. Присутствуют образцы как от пациентов только с катарактой, так и с катарактой и глаукомой. Совместно с лабораторией системной биологии проводится масс-спектрометрический анализ образцов жидкости передней камеры глаза с дальнейшим выявлением достоверных отличий между группами.

Коллектив укомплектован высококвалифицированным штатом исследователей, имеющих навыки стандартных биохимических методов, акриламидного белкового одномерного и двумерного электрофореза, MALDI-TOF масс-спектрометрии и обработки масс-спектрометрических данных. Ряд сотрудников владеют навыками программирования. Сотрудниками лаборатории с 2005 года защищена 1 докторская диссертация, 3 кандидатских и 3 магистерских диплома.

Тел.: +7 (499) 246-37-71

Сотрудники


Проекты

Текущие проекты

  1. Грант РНФ No 14-15-00395. Персонализированная протеомика злокачественных опухолей: идентификация специфичных мутаций в белках на примере клеточных линий из панели NCI-60 и биоптатов колоректального рака.
  2. Грант РФФИ 15-34-20729. Белки, необходимые для выживания злокачественной меланомы кожи: поиск в базах данных геномов злокачественных опухолей и проверка путем РНК-интерференции.
  3. Поиск потенциальных белковых биомаркеров глаукомы в образцах жидкости передней камеры глаза.
  4. Участие в выполнении российской части проекта «Протеом человека» : медицинские аспекты.

Результаты

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

  • Созданы экспериментальные методы диагностики рака яичника [Moshkovskii et al, 2005, Proteomics; Moshkovskii et al, 2007, Proteomics Clin Appl] и T-клеточной лимфомы кожи [Moshkovskii et al, 2011, Proteomics Clin Appl] на основе масс-спектрометрических профилей (MALDI-TOF) плазмы крови.
  • Разработан принципиальный подход к идентификации мутантных белков в данных панорамной (shotgun) протеомики с использованием персонализированных баз данных мутантных белков [Karpova et al, 2014, J Proteome Res].
  • Продемонстрирована возможность распознавания раковых клеточных линий по данным обзорного (shotgun) протеома в случае, когда известны экзомы клеточных линий-кандидатов [Karpova et al, 2014, J Proteome Res].

Оборудование

ОБОРУДОВАНИЕ

  • Времяпролетные масс-спектрометры MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Германия)
  • Криобанк Sample Access Manager (Hamilton Storage Technologies, Inc., США)
  • Оборудование для проведения двумерного электрофореза (Bio-Rad Laboratories, Inc., США)
  • Также активно используются возможности оборудования, закрепленного за Центром коллективного пользования ИБМХ «Протеом человека» (http://proteocenter.ru/).

Публикации

ПУБЛИКАЦИИ

2015

  1. Chernobrovkin AL, Kopylov AT, Zgoda VG, Moysa AA, Pyatnitskiy MA, Kuznetsova KG, Ilina IY, Karpova MA, Karpov DS, Veselovsky AV, Ivanov MV, Gorshkov MV, Archakov AI, Moshkovskii SA. Methionine to isothreonine conversion as a source of false discovery identifications of genetically encoded variants in oteogenomics. J Proteomics. 2015 Apr 29;120:169-78.
  2. Belousov PV, Bogolyubova AV, Kim YS, Abrosimov AY, Kopylov AT, Tvardovskiy AA, Lanshchakov KV, Sazykin AY, Dvinskikh NY, Bobrovskaya YI, Selivanova LS, Shilov ES, Schwartz AM, Shebzukhov YV, Severskaia NV, Vanushko VE, Moshkovskii SA, Nedospasov SA, Kuprash DV. Serum Immunoproteomics Combined With Pathological Reassessment of Surgical Specimens Identifies TCP-1ζ Autoantibody as a Potential Biomarker in Thyroid Neoplasia. J Clin Endocrinol Metab. 2015 Sep;100(9):E1206-15.
  3. Polyakova A, Kuznetsova K, Moshkovskii S. Proteogenomics meets cancer immunology: mass spectrometric discovery and analysis of neoantigens. Expert Rev Proteomics. 2015 Jul 15:1-9. [Epub ahead of print].

2014

  1. Сычева А.М., Кель А.Е., Николаев Е.Н., Мошковский С.А. Равный вклад скорости диффузии и скорости связывания ДНК в предполагаемое пространственное распределение транскрипционного ядерного фактора каппа-В внутри ядра клетки. Биохимия. 2014; 79( 6): 732-736
  2. Ivanov YD, Bukharina NS, Pleshakova TO, Frantsuzov PA, Andreeva EY, Kaysheva AL, Zgoda VG, Izotov AA, Pavlova TI, Ziborov VS, Radko SP,Moshkovskii SA, Archakov AI. Atomic force microscopy fishing and mass spectrometry identification of gp120 on immobilized aptamers. Int J Nanomedicine. 2014 Oct 3; 9: 4659-70.
  3. Karpova MA, Karpov DS, Ivanov MV, Pyatnitskiy MA, Chernobrovkin AL, Lobas AA, Lisitsa AV, Archakov AI, Gorshkov MV, Moshkovskii SA. Exome-Driven Characterization of the Cancer Cell Lines at the Proteome Level: The NCI-60 Case Study. J Proteome Res. 2014 Oct 21. [Epub ahead of print].

2013

  1. Федосов А.Э., Мошковский С.А., Кузнецова К.Г., Оливера Б.М., Конотоксины: от биоразнообразия брюхоногих моллюсков к разработке лекарственных средств. Биомедицинская химия, 2013; 59(3): 267-294.
  2. Шаранова Н.Э., Перцов С.С., Кирбаева Н.В., Торопыгин И.Ю., Калиниченко Л.С., Гаппаров М.М.Г. Протеомное исследование гиппокампа крыс в условиях эмоционального стресса. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2013; 156(11): 532-535.
  3. Ponomarenko EA, Kopylov AT, Lisitsa AV, Radko SP, Kiseleva YY, Kurbatov LK, Ptitsyn KG, Tikhonova OV, Moisa AA, Novikova SE, Poverennaya EV,Ilgisonis EV, Filimonov AD, Bogolubova NA, Averchuk VV, Karalkin PA, Vakhrushev IV, Yarygin KN, Moshkovskii SA, Zgoda VG, Sokolov AS, Mazur AM,Prokhortchouck EB, Skryabin KG, Ilina EN, Kostrjukova ES, Alexeev DG, Tyakht AV, Gorbachev AY, Govorun VM, Archakov AI. Chromosome 18 transcriptoproteome of liver tissue and HepG2 cells and targeted proteome mapping in depleted plasma: update 2013. J Proteome Res. 2014 Jan 3; 13(1): 183-90.
  4. Zgoda VG, Kopylov AT, Tikhonova OV, Moisa AA, Pyndyk NV, Farafonova TE, Novikova SE, Lisitsa AV, Ponomarenko EA, Poverennaya EV, Radko SP,Khmeleva SA, Kurbatov LK, Filimonov AD, Bogolyubova NA, Ilgisonis EV, Chernobrovkin AL, Ivanov AS, Medvedev AE, Mezentsev YV, Moshkovskii SA,Naryzhny SN, Ilina EN, Kostrjukova ES, Alexeev DG, Tyakht AV, Govorun VM, Archakov AI. Chromosome 18 transcriptome profiling and targeted proteome mapping in depleted plasma, liver tissue and HepG2 cells. J Proteome Res. 2013 Jan 4; 12(1): 123-34.

2012

  1. Дедов И.И. Тюльпаков А.Н. Чехонин В.П. Баклаушев В.П. Арчаков А.И. Мошковский С.А. Персонализированная медицина: современное состояние и перспективы. Вестник Российской Академии медицинских наук. 2012; (12): 4-12.
  2. Мошковский, С. А. Почему клетки злокачественных опухолей продуцируют белок острой фазы сывороточный амилоид А? Биохимия. 2012; 77( 4): 433-436.
  3. Шаранова Н. Э., Торопыгин И. Ю., Хряпова Е. В., Васильев А. В., Гаппаров М. М. Г. Влияние коэнзима Q10 на протеомный профиль сыворотки крови, цитозольной и микросомальной фракций гепатоцитов крыс в процессе онтогенеза. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2012; 154(7): 37-40.
  4. Шаранова Н.Э., Кулакова С.Н., Батурина В.А., Торопыгин И.Ю., Хряпова Е.А., Васильев А.В., Гаппаров М.М.Г . Влияние коэнзима Q10 на протеомный профиль цитозольной и микросомальной фракций гепатоцитов крыс при потреблении разных липидных компонентов рациона в процессе онтогенеза. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2012; 154(3): 302-307.
  5. Шин, Е. Ф.; Водолажский, Д. И.; Голиков, А. Ю.; Белова, Т. Н.; Бойко, Н. В.; Зимаков, Д. В.; Черкасова, Е. Н.; Коган, М. И.; Чибичян, М. Б.; Мошковский, С. А.; Тарасов, В. А.; Матишов, Д. Г. Выделение и анализ спектра изоформ плазминогена при развитии опухоли простаты человека. Биохимия. 2012; 77(9): 1284-1291.
  6. Ponomarenko E, Poverennaya E, Pyatnitskiy M, Lisitsa A, Moshkovskii S, Ilgisonis E, Chernobrovkin A, Archakov A. Comparative ranking of human chromosomes based on post-genomic data. OMICS. 2012 Nov; 16(11): 604-11.
  7. Tishchenko S, Gabdulkhakov A, Nevskaya N, Sarskikh A, Kostareva O, Nikonova E, Sycheva A, Moshkovskii S, Garber M, Nikonov S. High-resolution crystal structure of the isolated ribosomal L1 stalk. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2012 Aug; 68 (8): 1051-7.

2011

  1. Байгарин, Е. К.; Бессонов, В. В.; Передеряев, О. И.; Трифонова, О. П.; Мошковский, С. А.; Карпова, М. А. Вариабельность протеома плазмы крови у здоровых людей. Сообщение 1. Вопросы питания. 2011: 20-25.
  2. Gavryushina ES, Bryantseva SA, Nadezhdina ES, Zatsepin TS, Toropygin IY, Pickl-Herk A, Blaas D, Drygin YF. Immunolocalization of Picornavirus RNA in infected cells with antibodies to Tyr-pUp, the covalent linkage unit between VPg and RNA. J Virol Methods. 2011 Jan; 171(1): 206-11.
  3. Levitskiy SA, Sycheva AM, Kharlampieva DD, Oberto J, Kamashev DE, Serebryakova MV, Moshkovskii SA, Lazarev VN, Govorun VM. Purification and functional analysis of recombinant Acholeplasma laidlawii histone-like HU protein. Biochimie. 2011 Jul; 93(7): 1102-9.
  4. Moshkovskii SA, Sokolova EE, Brattseva EV, Karpova MA, Pyatnitskiy MA, Kubanova AA, Archakov AI. Proteome and cytokine serum profiling to diagnose a mycosis fungoides. Proteomics Clin Appl. 2011 Aug; 5(7-8): 432-9.

2010

  1. Агрон, И. А.; Автономов, Д. М.; Кононихин, А. С.; Попов, И. А.; Мошковский, С. А.; Николаев, Е. Н. База данных по точным массово-временным меткам для хромато-масс-спектрометрического анализа протеома мочи. Биохимия. 2010; 75(4): 598-605.
  2. Karpova M.A., Moshkovskii S.A., Toropygin I.Y., Archakov A.I. Cancer-specific MALDI-TOF profiles of blood serum and plasma: Biological meaning and perspectives. J Proteomics. 2010 Jan 3; 73(3): 537-51.
  3. Lisitsa A.V., Petushkova N.A., Thiele H., Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Karuzina II, Chernobrovkin AL, Skipenko OG, Archakov AI. Application of Slicing of One-Dimensional Gels with Subsequent Slice-by-Slice Mass Spectrometry for the Proteomic Profiling of Human Liver Cytochromes P450. J Proteome Research. 2010 Jan; 9(1): 95-103.
  4. Lokhov P.G., Dashtiev M. I., Moshkovskii S. A., Archakov A. I. Metabolite profiling of blood plasma of patients with prostate cancer. Metabolomics 2010 6: 156–163.
  5. Shishkin SS, Kovalyov LI, Kovalyova MA, Lisitskaya KV, Eremina LS, Ivanov AV, Gerasimov EV, Sadykhov EG, Ulasova NY, Sokolova OS, Toropygin IY, Popov VO. «Prostate cancer proteomics» database. Acta Naturae. 2010 Oct; 2(4): 95-104.

2009

  1. Ковалева, М. А.; Ковалев, Л. И.; Торопыгин, И. Ю.; Шигеев, С. В.; Иванов, А. В.; Шишкин, С. С. Протеомный анализ белков скелетной мышцы (m. vastus lateralis) человека, идентификация 89 белковых продуктов генной экспрессии. Биохимия. 2009. Т.74, N11. 1524-1538
  2. Лисица А.В., Петушкова Н.А., Никитин И.П., Згода В.Г., Карузина И.И., Мошковский С.А., Ларина О.В., Скипенко О.Г., Полищук Л.О., Тиле Г., Арчаков А.И. Одномерное протеомное картирование цитохромов Р450 печени человека. Биохимия. 2009; 74(2): 153-161.
  3. Лохов П. Г., Даштиев М. И., Бондарцов Л. В., Лисица А.В., Мошковский С.А., Арчаков А.И. Метаболический фингерпринтинг плазмы крови больных раком предстательной железы. Биомедицинская химия. 2009; 55(3): 247-254.
  4. Пахарукова Н.А., Пастушкова Л.Х., Трифонова О.П., Пятницкий М.А., Власова М.А., Никитин И.П., Мошковский С.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М. Оптимизация метода профилирования сыворотки крови здорового человека. Физиология человека. 2009; 35(3): 101-7.
  5. Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Петрак И., Мошковский С.А., Арчаков А.И. Выявление дифференциально-экспрессирующихся белков с использованием автоматического мета-анализа протеомных публикаций. Биомедицинская химия. 2009; 55(1): 5-14.
  6. Gasparian M.E., Chernyak B.V., Dolgikh D.A., Yagolovich A.V., Popova E.N., Sycheva A.M., Moshkovskii S.A., Kirpichnikov M.P. Generation of new TRAIL mutants DR5-A and DR5-B with improved selectivity to death receptor 5. Apoptosis. 2009; 14(6): 778-787.
  7. Ulukaya E., Yilmaz Y., Moshkovskii S., Karpova M., Pyatnitskiy M., Atug O, Dolar E. Proteomic analysis of serum in patients with non-alcoholic steatohepatitis using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Scand J Gastroenterol. 2009; 44(12): 1471-6.
  8. Zgoda VG, Moshkovskii SA, Ponomarenko EA, Andreewski TV, Kopylov AT, Tikhonova OV, Melnik SA, Lisitsa AV, Archakov AI. Proteomics of mouse liver microsomes: performance of different protein separation workflows for LC-MS/MS. Proteomics. 2009. 9(16): 4102-4105.

2008

  1. Баскова И.П., Кострюкова Е.С., Власова М.А., Харитонова О.В., Левицкий С.А., Завалова Л.Л., Мошковский С.А., Лазарев В.Н. Белки и пептиды секрета слюнных желез медицинской пиявки видов Hirudo verbana, H. medicinalis и H. orientalis Биохимия. 2008; 73 (3): 388-394.
  2. Зиганшин Р.Х., Алексеев Д.Г., Арапиди Г.П., Иванов В.Т., Мошковский С.А., Говорун В.М.. Протеомное профилирование сыворотки для диагностики рака яичника с использованием технологии магнитных гранул ClinProt и MALDI-TOF-масс-спектрометрии. Биомедицинская химия. 2008 53(4): 408-419.
  3. Коплик Е. В., Власова М. А., Мошковский С. А., Арчаков А.И., Судаков К.В. Масс-спектрометрический профиль сыворотки в качестве маркера экспериментального психоэмоционального стресса у крыс. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2008; 145 (5): 487-490.
  4. Лохов П.Г., Арчаков А.И. Масс-спектрометрические методы в метаболомике. Биомедицинская химия. 2008; 54(5): 497-511
  5. Toropygin IY, Kugaevskaya EV, Mirgorodskaya OA, Elisseeva YE, Kozmin YP, Popov IA, Nikolaev EN, Makarov AA, Kozin SA. The N-domain of angiotensin-converting enzyme specifically hydrolyzes the Arg-5-His-6 bond of Alzheimer’s Abeta-(1-16) peptide and its isoAsp-7 analogue with different efficiency as evidenced by quantitative matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Rapid Commun Mass Spectrom. 2008; 22(2): 231-9.

2007

  1. Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Ковалев П.Л., Серебрякова М.В., Мошковский С.А., Шишкин С.С. Полиморфизм дельта3,5-дельта2,4-диеноил-коэнзим А изомеразы (белкового продукта гена ЕСН1) в поперечно-полосатой мышечной ткани человека. Биохимия. 2007; 71(4): 448-53.
  2. Морозов С.Г., Грибова И. Е., Клюшник Т. П., Сидякин А. А., Гнеденко Б. Б., Торопыгин И. Ю., Фадеев Д. А., Зозуля С. А., Коверная Е. И., Сарманова З. В. Влияние повышенного уровня антител к основному белку миелина у самок мышей на постнатальное развитие и поведенческие реакции потомства. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2007; 143(10) 432-436.
  3. Moshkovskii S.A., Vlasova M.A., Pyatnitskiy M.A., Tikhonova O.V., Safarova M.R., Makarov O.V., Archakov A.I. Acute phase serum amyloid A in ovarian cancer as an important component of proteome diagnostic profiling. Proteomics. Clinical Applications. 2007; 1 (1): 107-117.
  4. Ushkova N.V., Moshkovskii S.A., Toropygin I.Y., Guseva D.A., Yurasova O.V., Archakov A.I., Ernst L.K. Proteomic mapping of striated muscle tissue of transgenic pigs carrying human growth-hormone-releasing hormone. Agrarian biology. Animal Biology. 2007; 2: 32-36.

2006

  1. Власова М.А., Мошковский С.А. Молекулярные взаимодействия сывороточного амилоида А острой фазы: возможная связь со злокачественными опухолями. Биохимия. 2006; 71 (10): 1051-1059.
  2. Гоуфман Е.И., Мошковский С.А., Тихонова О.В., Лохов П.Г., Згода В.Г., Серебрякова М.В., Торопыгин И.Ю., Власова М.А., Сафарова М.Р., Макаров О.В., Арчаков А.И. Протеомное исследование термостабильной фракции сыворотки пациентов с различными опухолями с применением двумерного электрофореза. Биохимия. 2006; 71 (4): 354-360.
  3. Kovalyov L.I., Kovalyova M.A., Kovalyov P.L., Serebryakova M.V., Moshkovskii S.A., Shishkin S.S. Polymorphism of delta3,5-delta2,4-dienoyl-coenzyme A isomerase (the ECH1 gene product protein) in human striated muscle tissue. Biochemistry (Mosc). 2006 Apr;71(4):448-53.

2005

  1. Власова М.А., С.А. Мошковский, М.Р. Сафарова, О.В. Макаров, А.И.Арчаков. Молекулярная диагностика рака яичника с использованием протеомных технологий. Биомедицинская химия. 2005; 51 (4): 367-383.
  2. Moshkovskii S.A., Serebryakova M.V., Kuteykin-Teplyakov K.B., Tikhonova O.V., Goufman E.I., Zgoda V.G., Taranets I.N., Makarov O.V., Archakov A.I. Ovarian cancer marker of 11.7 kDa detected by proteomics is a serum amyloid A1. Proteomics. 2005; 5(14): 3790-3797.

Партнеры


ПАРТНЕРЫ

  • Институт энергетических проблем химической физики (группа М.В. Горшкова)
  • Медико-генетический научный центр РАН. (группа М.Ю. Скоблова)
  • Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН (группа А.В. Кудрявцевой)
  • Федеральное медико-биологическое агентство НИИ физико-химической медицины (отдел Говоруна В.М.)
  • Институт биологии гена РАН (группа С.С. Ларина)