Лаборатория пептидной инженерии

Статистика научной деятельности



О лаборатории

Лаборатория организована в ноябре 2003г. на базе группы пептидного сканирования, существовавшей с 1992г. Руководитель лаборатории — проф., д.б.н. Колесанова Екатерина Фёдоровна.

Основные направления исследований

  • Антигенное и функциональное картирование белков; белок-белковые взаимодействия; синтетические вакцины и иммунодиагностикумы.
  • Анализ белков вируса гепатита С (ВГС) и их функциональное картирование.
  • Изучение иммуногенности белков ВГС, разработка синтетических вакцинных конструкций.
  • Направление работы до 2001 г.: Структурно-функциональное картирование белков цитохром Р450-содержащих монооксигеназных систем
  • Твердофазный синтез пептидов

Методы

  1. Твердофазный синтез пептидов, включая множественный параллельный синтез
  2. Очистка белков и пептидов
  3. Пептидное сканирование
  4. Аналитические биохимические методы
  5. Методы белковой химии: конъюгация, модификация и изучение аффинности межмолекулярных взаимодействий
  6. Получение антител
  7. Различные методы имуноанализа

Тел.:+7 (499) 246-33-75

Сотрудники


Проекты

  1. «Разработка альтернативных биомаркеров для диагностики диабета с использованием протеомных технологий»
  2. РФФИ 07-04-12117 «Синтетические иммуногенные конструкции на основе фрагментов оболочечных белков вируса гепатита С», рук. Арчаков А.И. — 2008-2009 гг.
  3. РФФИ 07-04-01080 «Антителозависимый иммунный ответ на наиболее консервативные участки оболочечных белков вируса гепатита С у ВГС-инфицированных пациентов», рук. Ковалев О.Б. — 2007-2009 гг.
  4. РФФИ 06-03-33033 «Разработка регламента множественного параллельного твердофазного пептидного синтеза «трудных» последовательностей», рук. Колесанова Е.Ф. — 2006-2008 гг.
  5. ФЦП «Живые системы», лот 2 «Идентификация перспективных мишеней действия новых лекарственных препаратов на основе реконструкции генных сетей» (Головное учреждение – Институт цитологии СО РАН) — 2005-2006гг.
  6. ФЦП «Живые системы», лот 1 «Разработка вакцины против гепатита С на основе пептидов, соответствующих высоко консерватив-ным фрагментам оболочечных белков вируса гепатита С», доклинические испытания. (Головное учреждение – Институт иммунологии ФМБА) — 2005 г.
  7. РГНФ № 02-06-12003 «Гепатит С. Медико-биологические и медико-социальные проблемы. Общедоступный ресурс в Интернете», рук. Поройков В.В. – 2002-2003 гг.
  8. РФФИ № 02-04-49002-а “Эпитопное картирование L-аспарагиназы и получение рекомбинантных гипоаллергенных форм фермента», рук. Соколов Н.Н. — 2002-2004 гг.
  9. Межведомственная научно-техническая Программа «Вакцины нового поколения и медицинские диагностические системы будущего», тема 01.03 «Синтетические иммуногены и вакцины», договор на НИР «Разработка лабораторно-экспериментальных образцов синтетических вакцин против вируса гепатита С», рук. Арчаков А.И. — 2001, 2002-2004 гг.
  10. РФФИ № 00-04-48355-а «Иммунологические свойства биологически активных искусственных белков», рук. Долгих Д.А. (ИБХ РАН) — 2000-2001 гг.
  11. НАТО No. CRG-974288 «Молекулярные механизмы узнавания редокс-партнеров цитохромом Р450» (совместно с проф. Пулосом Т.Л., Калифорнийский Университет в Ирвайне, США) – 1999-2001 гг.
  12. INTAS No. 96-1549 «Функциональные и антигенные свойства генноинженерных водорастворимых форм микросомальных цитохромов Р450, исследованные с помощью оптического биосенсора, спектральных методов и метода ПЕПСКАН» (Главный координатор – д-р Шунк В.-Х., Центр молекулярной медицины им. Макса Дельбрюка, Берлин, ФРГ) — 1998-2001 гг.
  13. РФФИ № 98-04-48684-а «Структурно-функциональное картирование поверхности молекул цитохромов Р450 и b5» — 1998-2000 гг.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

Антигенное картирование белков с помощью пептидного сканирования

Антигенное картирование белков с помощью пептидного сканирования включает синтез перекрывающихся пептидов длиной 6-15 аминокислотных остатков, охватывающих последовательность определенного белка или ее фрагмент, и выявление среди них тех, что способны связываться с антителами, полученными против целого белка. С помощью пептидного сканирования (твердофазный множественный параллельный пептидный синтез на иглах Multipin™ фирмы Mimotopes (Австралия) с последующим ELISA) были определены линейные В-эпитопы 6 гемопротеидов (цитохромов Р450 1A2, 2B4, 52A3 и 101, изофермента С пероксидазы хрена и цитохрома b5), путидаредоксина, искусственного белка альбебетина с присоединенными биоактивными фрагментами инсулина и интерферона и высококонсервативных фрагментов оболочечных белков вируса гепатита С (ВГС). Этот метод был также использован для экспериментального выявления линейных В-эпитопов в предсказанных антигенно активных участках ангиотензин-превращающего фермента (ACE) и картирования конформационно чувствительных и нечувствительных эпитопов лектина омелы белой вискумина.

Пептидное сканирование позволяет быстро выявлять линейные антигенные детерминанты глобулярных белков. Результаты антигенного картирования зависят от иммунного ответа иммунизируемого животного, но можно выделить так называемое антигенное “ядро” – доминантные В-эпитопы, антитела против которых образуются у большинства иммунизированных животных. К В-эпитопам антигенного “ядра” с высокой вероятностью можно получить антипептидные антитела, взаимодействующие с целыми белками. Принадлежность В-эпитопа к антигенному “ядру” статистически значимо коррелирует с его расположением на поверхности молекулы белка и доступностью для воды.

При антигеном картировании белков в различных конформациях экспериментально подтверждена конформационная чувствительность некоторых линейных В-эпитопов. Это означает, что к линейным фрагментам белков можно получить антитела, селективно взаимодействующие с разными конформационными формами одного и того же белка, и использовать эти антитела в исследовании фолдинга белков. Эффективность методов предсказания В-эпитопов в отношении белков, для которых нами были получены экспериментально антигенные карты, не превышает 65%.

В цитохромах Р450 найдены как индивидуальные, так и группоспецифические линейные В-эпитопы. Это указывает на возможность получения как антител, специфичных к какому- либо одному белку, так и группоспецифичных антител.

Изучение белок-белковых взаимодействий методом пептидного сканирования.

Метод пептидного сканирования был успешно использован для определения участков молекулы, ответственных за взаимодействие цитохрома b5 с цитохромом Р450 2В4 в микросомальной монооксигеназной системе, а также для картирования гликозаминогликан-связывающих участков оболочечного белка Е2 ВГС. Для картирования участков межмолекулярных взаимодействий методом пептидного сканирования были разработаны специальные методы, основанные на сорбционном анализе и детекции с помощью ферментной метки.

Создание синтетической вакцины против вируса гепатита С

Вирус гепатита С (ВГС) проявляет чрезвычайно высокий генетический полиморфизм в изолятах, полученных от различных пациентов, и даже от одного и того же пациента на разных стадиях инфекционного процесса. Наиболее высокая изменчивость характерна для оболочечных белков ВГС, которые играют основную роль в связывании вируса с клетками-мишенями и в проникновении в них. Эта изменчивость в значительной степени затрудняет исследование взаимодействия вируса с клетками и создание вакцин.

Несмотря на высокую вариабельность структуры оболочечных белков Е1 и Е2 ВГС, путем выравнивания их последовательностей и анализа частоты встречаемости аминокислотных остатков в этих белках были найдены 8 высококонсервативных участков. Пептидное сканирование показало наличие в составе этих участков лишь небольшого количества В-эпитопов, специфичных к антителам из сывороток крови больных гепатитом С. Отсутствие антигенной активности у этих участков можно объяснить тем, что рядом с ними не обнаруживаются экспериментально и не предсказываются мотивы, характерные для Т-хелперных эпитопов. В связи с этим мы имеем основания полагать, что вакцина, основанная на целых оболочечных белках, будет мало эффективна в плане продукции антивирусных изолят-неспецифичных антител из-за неоптимального расположения возможных В- и Т-эпитопов друг относительно друга.

Некоторые консервативные участки белков Е1 и Е2 обладают CD81- и гепарансульфат-связывающими активностями, и это дает важный импульс использованию этих фрагментов в искусственных анти-ВГС вакцинах. На основе консервативных фрагментов оболочечных белков было разработано 6 искусственных пептидных конструкций, которые проявили высокую иммуногенность у лабораторных животных и вызвали у них образование антител, взаимодействующих с оболочечными белками ВГС. Эти конструкции могут послужить антигенами для кандидатной вакцины против гепатита С.

Твердофазный пептидный синтез

По результатам исследования кинетики удаления 9-флуоренил(метилоксикарбонильных)(Фмок-) защитных групп с альфа-аминогрупп растущей пептидной цепи и степени изомеризации в ходе синтеза остатка Asp во фрагменте ?-амилоида 5RHDSGY10 под действием различных вторичных и третичных аминов нами был предложен 4-метилпиперидин как наиболее пригодный для этой цели реагент в условиях автоматического пептидного синтеза взамен признанного прекурсором пиперидина. Разработан улучшенный регламент множественного параллельного пептидного синтеза на иглах, позволяющий получать более чистые препараты целевых пептидов. Налажена работа по синтезу пептидов на договорных началах.

Обучение

Начиная с 1992 года в составе группы пептидного сканирования и лаборатории белковой инженерии 7 аспирантов успешно выполнили и защитили кандидатские диссертации по специальности «биохимия». 9 студентов биологического факультета МГУ, медико-биологического факультета РНИМУ им. Н.И. Пирогова, факультета физико-химической биологии МФТИ, МГАТХТ выполнили свои квалификационные работы на степень бакалавра, дипломные работы и магистерские диссертации.

Студенты и выпускники химических, биологических и медико-биологических факультетов и кафедр могут обучиться методам работы, используемым в лаборатории, и выполнить квалификационную/дипломную работу. Есть возможность выполнения диссертационной работы на соискание ученой степени кандидата биологических/химических наук.


ОБОРУДОВАНИЕ
  • Автоматический пептидный синтезатор 433А фирмы «Applied Biosystems».
  • Рабочая станция для аналитической и препаративной хроматографии AGILENT 1100 с набором колонок для ВЭЖХ на обращенной фазе и для гель-фильтрации, с диодно-матричным и УФ-детекторами.
  • Хроматографическая система BioLogic DuoFlow QuadTec фирмы «Bio-Rad» для разделения и очистки биомолекул с набором колонок и носителей для гель-фильтрации, ионообменной и аффинной хроматографии белков и пептидов.
  • Набор оборудования для иммуноанализа, включающий многоканальный спектрофотометр SPECTROSCAN, многоканальный флуориметр FLUOROSCAN, многоканальный фотометр MULTISCAN Plus, вошер WELLWASH 384, дилютор MULTIDROP 384 фирмы «ThermoLabsystems».
  • Роторный испаритель BUCHI ROTAVAPOR R 114 фирмы «Buchi»; вакуумный концентратор и другое мелкое лабораторное оборудование.
  • Персональные компьютеры IBM PC с лицензированным программным обеспечением и доступом в Интернет и в локальную сеть ФГБУ «ИБМХ» РАМН.

Публикации


2009

  1. Кузьмина Т.И., Оленина Л.В., Санжаков М.А., Фарафонова Т.Е., Абрамихина Т.В., Дюбюиссон Ж.., Соболев Б.Н., Колесанова Е.Ф. Антигенность и В-эпитопное картирование оболочечного белка Е2 вируса гепатита С. Биомед. химия, 2009, т.55, №1, 32-40.

2008

  1. Фарафонова Т.Е., Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф.. Возможные клеточные рецепторы вируса гепатита С. Биомед. химия, 2008, т.54, № 2, 184-191.
  2. Sanzhakov M.A., Aleshina E.Yu., Pyndyk N.V., Moisa A.A., Kharybin O.N. Synthesis of amyloid А-? fragment with the use of new solid-phase peptide synthesis schedule. In: Progress in Biotechnology /Ed. Zaikov G.E. Nova Science Publishers, 2008, p.99-107.
  3. Алешина Е.Ю., Пындык Н.В., Мойса А.А., Санжаков М.А., Харыбин О.Н., Николаев Е.Н., Колесанова Е.Ф.. Синтез фрагмента ?-амилоида 5RHDSGY10 и его изомеров. Биомед. химия, 2008, т.54, №2, 154-166.

2006

  1. Kugaevskaya E.V., Kolesanova E.F., Kozin S.A., Veselovsky A.V., Dedinsky I.R., Elisseeva Y.E. Epitope mapping of the domains of human angiotensin converting enzyme. Biochim Biophys Acta. 2006, 1760(6), р.959-965.

2005

  1. Olenina L.V, Kuzmina T.I, Sobolev B.N, Kuraeva T.E, Kolesanova E.F., Archakov A.I. Heparin binding sites of hepatitis C virus envelope proteins. J. Viral Hepatitis, 2005, 12(6), 584-593.
  2. Sobolev B.N., Olenina L.V., Kolesanova E.F., Poroikov V.V. and Archakov A.I. Computer Design of Vaccines: Approaches, Software Tools and Informational Resources. Current Computer-Aided Drug Design, 2005, 1(2), 207-222.
  3. Kuraeva T.E., Olenina L.V., Kuzmina T.I., Alyoshina E.Yu., Kolesanova E.F., Archakov A.I.. Immunogenicity of highly conserved fragments of hepatitis C virus envelope proteins E1 and E2. In: Peptides — Bridges between Disciplines, 2005. Kenes International, Geneva, 2005, 178-179.
  4. Sobolev B.N., Kolesanova E.F., Olenina L.V., Kuraeva T.E., Rudik A.V., Poroikov V.V., Archakov A.I.. Hepatitis C virus functional mapping database: an instrument in subunit vaccine design. In: Peptides — Bridges between Disciplines, 2005. Kenes International, Geneva, 2005, 21-22.

2004

  1. Степанчикова А.В., Соболев Б.Н., Оленина Л.В., Николаева Л.И., Колесанова Е.Ф., Поройков В.В. Гепатит С: молекулярно-биологические и медико-социальные аспекты проблемы. Общедоступный ресурс в Интернете. Биомед. химия, 2004, т.50, прил. №1, с.153-157.

2003

  1. Соболев Б.Н., Поройков В.В., Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф., Арчаков А.И. Компьютерное конструирование вакцин. Биомед. химия. 2003, т. 49, № 4, с.309-332. 12.

2002

  1. Olenina LV, Nikolaeva L.I, Sobolev B.N, Blokhina N.P, Archakov A.I., Kolesanova E.F. Mapping and characterization of B-cell linear epitopes in the conservative regions of hepatitis C virus envelope glycoproteins. J. Viral Hepat., 2002, v.9, №4, 174-182.
  2. Moshkovskii S.A., Kolesanova E.F., Archakov A.I. Continuous B-epitope maps of cytochrome P450 101 (CYP101) obtained by peptide scanning: correlation of spatial structure. Arch. Biochem. Biophys. 2002, v. 398, 269-274.
  3. Соболев Б.Н., Поройков В.В., Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф., Арчаков A.И. Анализ белков вируса гепатита С на основе аминокислотных последовательностей и литературных данных. Биофизика. 2002, т. 47, № 2, 204-210.
  4. Бочарова О.Н., Мошковский С.А., Черткова Р.В., Абдуллаев З.Х., Колесанова Е.Ф., Долгих Д.А., Кирпичников М.П. Введение биологически активных фрагментов IFN-?2 и инсулина в состав искусственного белка альбебетина влияет на иммуногенность итоговой конструкции. Вопр. мед. химии. 2002, т.48, вып. 1, 94-102.
  5. Бочарова О.Н., Мошковский С.А., Черткова Р.В., Долгих Д.А., Кирпичников М.П. Иммунный ответ при введении исусственных белков, содержащих биологически активные фрагменты IFN-?2 и инсулина человека. Молек. биология, 2002, т. 36, №1, 84-90.

2001

  1. Гепатит С (Hepatitis C). В кн.: Учайкин В.Ф., Шамшева О.В. “Вакцинопрофилактика”. М.: “Гэотар-мед”, 2001, с. 248-251.
  2. Колесанова Е.Ф., Оленина Л.В., Соболев Б.Н., Николаева Л.И., Блохина Н.П., Воронкова Н.В., Цурикова Н.Н., Арчаков А.И. Антигенная активность консервативных областей оболочечных белков вируса гепатита С. “Новости науки и техники. Сер. Медицина. Аллергия, астма и клиническая иммунология”. 2001, №1, с. 31-33.
  3. Мошковский С.А., Лебедев Д.Н., Колесанова Е.Ф., Арчаков А.И. Роль отдельных аминокислотных остатков иммунодоминантного непрерывного эпитопа цитохрома P450 101 (CYP101) 312LKKGDQ317 в распознавании специфическими антителами. Вопр. мед. химии. 2001, т.47, вып. 2, 248-255.
  4. Kolesanova E.F., Olenina L.V., Sobolev B.N., Nikolaeva L.I., Archakov A.I. B-cell linear epitopes in the conservative regions of hepatitis C virus envelope glycoproteins. In: Peptides: The wave of the future. (Eds. M.Lebl, R.Houghten). American Peptide Society: San Diego, 2001, 1031-1032.

2000

  1. Соболев Б.Н., Оленина Л.В., Николаева Л.И., Блохина Н.Н., Колесанова Е.Ф., Арчаков А.И. Разработка лабораторно-экспериментальных образцов синтетических вакицн против вируса гепатита “С”. Поиск антигенных пептидных фрагментов белков вируса для создания вируснейтрализующей вакцины. Аллергология и иммунология. 2000, т.1, №3, с.84-85.
  2. Малюченко Н.В., Мойсенович M.M., Егорова С.Г., Колесанова Е.Ф., Агапов И.И., Зайцев И.З., Тоневицкий А.Г. Разворачивание А-субъединицы вискумина в ходе внутриклеточного транспорта токсина. Мол. биол., 2000, т. 34, №1, с.152-159.

1999

  1. Nikolaeva L.I., Olenina L.V., Kolesanova E.F. Immunity During Different Courses of Hepatitis C. Russian Journal of Immunology 1999, 4, 91-112.
  2. Kolesanova E.F., Kiselar J.G., Moshkovskii S.A., Kozin S.A., Hui Bon Hoa G., Archakov A.I. Peptide scanning in structural-functional mapping of hemeproteins. In: «Peptide Science — Present and Future» (Ed. Y. Shimonishi). Kluwer Acad. Publ. Dordrecht-Boston-London 1999, p. 274-276.

Тезисы докладов на конференциях
2009

  1. Мойса А.А., Абрамихина Т.В. Преспективы использования высококонсервативных фрагментов оболочечных белков вируса гепатита С в иммунодиагностикумах и пептидных вакцинах. 5-й Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития». 16-20 марта 2009 г. Материалы Конгресса, ч.1, с.180-181 (стендовое сообщение).
  2. Мойса А.А., Фарафонова Т.Е., Колесанова Е.Ф. Перспективы использования высококонсервативных фрагментов оболочечных белков вируса гепатита С в синтетических пептидных вакцинах. VIII Российская научно-практическая конференция «Вирусные гепатиты: эпидемиология, диагностика, лечение и профилактика». Москва, 26-28 мая 2009 г. Тезисы. «Мир вирусных гепатитов», 2009, №2, ч.2, с.70 (доклад, 3-е место на конкурсе работ молодых ученых).
  3. Колесанова Е.Ф., Фарафонова Т.Е., Мойса А.А. Пептидные иммуногены и вакцины: принципы разработки. IV Российский симпозиум “Белки и пептиды». Казань, 23-27 июня 2009 г. (доклад).Тез. докл., с.105.
  4. Moisa A.A., Farafonova T.E., Kolesanova E.F. Prospects for the use of hepatitis C virus envelope protein highly conserved sites in peptide vaccines.12th SAC Seminar «Combating Global Infections”. Listvyanka- Irkutsk, September 22-24, 2009. Abstract book, p. 39 (доклад).
  5. Арчаков А.И., Сторожаков Г.И., Колесанова Е.Ф., Фарафонова Т.Е., Мойса А.А. Вакцина против гепатита С. VI Международная конференция “Молекулярная медицина и биобезопасность». Москва, 10-11 ноября 2009 г. Сб. тезисов, с. 37-38 (доклад).

2008

  1. Kolesanova E. F., Kuzmina T. I., Sanzhakov M..A., Abramihina T.V., Aleshina E.Yu., Farafonova T.E., Archakov A.I., Khropova I.N., Cheshik S.G.. Synthetic peptide arrays in search for diagnostic antibodies and vaccine development. Abstr. 4th International conference “Genomics, proteomics, bioinformatics and nanotechnology for medicine. Moscow-Nizhniy Novgorod-Moscow, June 1-7, 2008.

2007

  1. Санжаков М.А., Алешина Е.Ю., Пындык Н.В., Мойса А.А., Харыбин О.Н. Синтез фрагмента амилоида А-бета с использованием нового регламента твердофазного пептидного синтеза. 4 Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», М., 2007, 12-16 марта 2007 г.
  2. Колесанова Е.Ф., Фарафонова Т.Е., Алешина Е.Ю., Кузьмина Т.И., Арчаков А.И. Перспективы разработки синтетических пептидных вакцин против гепатита С. 3-й Российский симпозиум «Белки и пептиды», Пущино, 16-21 сентября 2007 г. Тезисы докладов, с.39.
  3. Алешина Е.Ю., Санжаков М.А., Пындык Н.В., Колесанова Е.Ф. Разработка унифицированного регламента множественного параллельного твердофазного пептидного синтеза. 3-й Российский симпозиум «Белки и пептиды», Пущино, 16-21 сентября 2007 г. Тезисы стендовых сообщений, с.23.
  4. Фарафонова Т.Е., Алешина Е.Ю., Мошковский С.А.. Определение молярного соотношения пептид-белок в конъюгатах методом SELDI-MS. 3-й Российский симпозиум «Белки и пептиды», Пущино, 16-21 сентября 2007 г. Тезисы стендовых сообщений, с. 32.
  5. Kolesanova E. F., Aleshina E. Yu., Sanzhakov M. A., Farafonova T. E., Kuzmina T. I., Archakov A. I. Synthetic peptide arrays: issues and details of the preparation and use. HUPO 6th Annual World Congress, Seoul, October 6-10, 2007. Abstracts.

2004

  1. Sobolev B.N., Kuraeva T.E., Olenina L.V., Kolesanova E.F., Rudik A.V., Poroikov V.V., Archakov A.I.. Hepatitis C virus epitope mapping database (HCVMAP): an instrument in subunit vaccine design. In: Abstr. 2nd International Conference “Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine”, 14-19 July 2004, Moscow-Ples-Moscow, 5.13.
  2. Kolesanova E.F., Olenina L.V, Kuzmina T.I., Kuraeva T.E., Sobolev B.N., Archakov A.I.. Peptide scanning as a tool of peptidomics approach and iys application to synthetic vaccine design. In: Abstr. 2nd International Conference “Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine”, 14-19 July 2004, Moscow-Ples-Moscow, 4.4.
  3. Kuraeva T.E, Olenina LV, Kuzmina TI, Alyoshina E.Yu, Kolesanova E.F, Archakov A.I.. Immunogenicity of highly conserved fragments of hepatitis C virus envelope proteins E1 and E2. Abstr. 3rd International & 28th European Peptide Symposium, September 5-10, 2004, Prague. J. Pept. Sci., 2004, v.10 Suppl., OR14, p. 94.
  4. Sobolev B.N., Kolesanova E.F., Olenina L.V., Kuraeva T.E., Rudik A.V., Poroikov V.V., Archakov A.I.. Hepatitis C virus functional mapping database: an instrument in subunit vaccine design. Abstr. 3rd International & 28th European Peptide Symposium, September 5-10, 2004, Prague. J. Pept. Sci., 2004, v.10 Suppl., L73, p.117. 16.

2003

  1. Соболев Б.Н., Оленина Л.В., Садым А.В., Колесанова Е.Ф., Поройков В.В., Арчаков А.И.. Компьютерный анализ оболочечных белков вируса гепатита С с целью антигенного картирования. Тез. докл. 2-го Московского международного Конгресса “Биотехнология: состояние и перспективы развития”, 2003г. 17.

2002

  1. Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф., Кузьмина Т.И., Соболев Б.Н., Николаева Л.И., Кураева Т.Е., Арчаков А.И. Эпитопное и функциональное картирование оболочечных гликопротеинов вируса гепатита С. Материалы Шестой всероссийской научной конференции “Дни иммунологии в Санкт-Петербурге”, в журнале “Медицинская иммунология”, 20-23 мая 2002г, т.4, №2, С. 249. 18.
  2. Sobolev B.N., Olenina L.V., Kolesanova E.F., Sadym A.V., Poroikov V.V., Archakov A.I. Computer-assisted mapping of antigenic and functional regions in hepatitis C virus proteins. International conference “Genomics, proteomics and bioinformatics for medicine. St.Petersburg-Moscow, Russia, June 22-30, 2002, book of abstracts, p.93. 19.
  3. Olenina L.V., Kuzmina T.I., Sobolev B.N., Ivanov Y.D., Gnedenko O.V., Nikolaeva L.I., Kuraeva T.E., Kolesanova E.F., Archakov A.I. Highly conservative sites of HCV envelope glycoproteins: possible functional role and immunogenic properties. International conference “Genomics, proteomics and bioinformatics for medicine. St.Petersburg-Moscow, Russia, June 22-30, 2002, book of abstracts, p.94. 20.
  4. Kuzmina T.I., Sobolev B.N., Olenina L.V., Kolesanova E.F., Archakov A.I. Structural-functional analysis of HVR1 region of hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 and its role in the interaction with cell surface glycosaminoglycans. International conference “Genomics, proteomics and bioinformatics for medicine. St.Petersburg-Moscow, Russia, June 22-30, 2002, book of abstracts, p.95. 21.
  5. Sobolev B.N., Olenina L.V., Kolesanova E.F., Sadym A.V., Poroikov V.V., Archakov A.I. Comparative analysis of amino acid sequences encoded by different hepatitis C virus genomes: Potential immunogenic regions and drug tagets. poster №053, 14th European Symposium QSAR 2002, September 2002, Bournemouth, UK. 22.
  6. Olenina L.V.. Modification of a pepscan approach for accurate mapping of overlapping epitope clusters. 6th John Humphrey advance summer program in immunology, Pushchino, Russia, September 15-21, 2002, Abstracts, p 88-89. 23.
  7. Кураева Т. Е., Оленина Л. В. Получение антипептидных антител против консервативного участка оболочечного белка вируса гепатита С. 6-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых “Биология наука XXI века”, Пущино, 20-24 мая 2002 г., Сборник тезисов Т. 1. 2002, С. 270. 24.

2001

  1. Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф., Гервазиев Ю.В., Зайцева И.С., Кураева Т.Е., Соболев Б.Н., Арчаков А.И. Получение антипептидных антител к участкам связывания белка Е2 вируса гепатита С с CD81. Материалы Пятой всероссийской научной конференции “Дни иммунологии в Санкт-Петербурге”, 21-24 мая 2001г, в журнале “Медицинская иммунология”, 2001, т.3, №2, стр. 231. 25.
  2. Kolesanova E.F, Olenina L.V., Sobolev B.N., Nikolaeva L.I.,.Archakov A.I. B-Cell linear epitopes in the conservative regions of hepatitis C virus envelope glycoproteins.o the homology modelling of 3D structures of cytochromes P450. Abstracts of the 2nd International Peptide Symposium “Peptides: The wave of the future”. San Diego, USA, 2001, Р609.

Создана и зарегистрирована база данных по структурно-функциональному картированию белков вируса гепатита С HCVmap. Авторы: Соболев Б.Н., Колесанова Е.Ф., Оленина Л.В., Рудик А.В., Поройков В.В. Свидетельство об официальной регистрации в Реестре баз данных № 2007620225 от 28 июня 2007 г.


ПАРТНЕРЫ
Внутреннее сотрудничество:
  • Лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств (заведующий — проф. В.В. Поройков);
  • Отдел протеомных исследований (Заведующий — к.б.н. С.А. Мошковский);
  • Лаборатория медицинской биотехнологии (Заведующий — проф. Н.Н. Соколов).

Внешнее сотрудничество:

  • Российский государственный медицинский университет им. Н.И. Пирогова (медико-биологический факультет, кафедра детских инфекционных болезней);
  • Московская государственная академия тонкой химической технологии им. М.В. Ломоносова;
  • Филиал Института биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (Пущино Московской обл.);
  • Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины (Киев, Украина);
  • Институт биологии/Институт пастера в Лилле, CNRS, UPR2511 Лаборатория сборки и репликации вируса гепатита С (руководитель — д-р Жан Дюбюиссон) (Лилль, Франция);
  • Комиссия по ядерной энергии-CNRS-Университет им. Ж. Фурье, Отдел клеточного ответа и динамики, Лаборатория иммунологии (руководитель — д-р Патрис Марш) (Гренобль, Франция).