Лаборатория анализа постгеномных данных

Статистика научной деятельности


О лаборатории

Лаборатория создана в 2011 году.
Зав. лабораторией – к.б.н. Пономаренко Елена Александровна,
                                (тел. +7 (499) 245-27-53, e-mail: 2463731@gmail.com)
Штат лаборатории – 7 сотрудников
Расположение – ИБМХ, корпус 1, этаж 2, комната 205

Технологические достижения последних лет позволяют получать данные о сотнях транскриптах или белках в ходе одного эксперимента. Накопление таких данных и открытый доступ к ним создает хорошие предпосылки для развития мета-анализа и получения новых знаний без постановки эксперимента, при этом с каждым годом все сложнее аннотировать полученные экспериментальные результаты без использования автоматизированных подходов.

Лаборатория анализа постгеномных данных специализируется на разработке Веб-ориентированных программных продуктов, предназначенных для анализа и аннотации результатов транскриптомных или протеомных экспериментов.

Результатом анализа может быть отображение набора идентификаторов генов или белков, выявленных в ходе эксперимента, на опубликованные данные. Это позволяет сопоставить результаты широкомасштабных экспериментов с текущим уровнем знаний, отраженном в рефератах рецензируемых научных статей. Картирование на профиль индивидуальной активности пользователя позволяет получить персонифицированную информацию о нестандартных взаимосвязях между исследуемыми биологическими объектами и оптимизировать научный поиск.

Тел.: +7 (499) 245-27-53

Основные направления работ
Основная тематика лаборатории – информационное сопровождение российской части проекта «Протеом человека»:

  • Прогнозирование и аннотирование взаимодействующих белков на основе масштабного анализа результатов масс-спектрометрических экспериментов, анализа геномных данных и автоматического анализа опубликованных данных.
  • Разработка системы менеджмента контента и системы учета и регистрации экспериментальных данных, полученных в ходе выполнения проекта «Протеом человека».
  • Создание аналитической системы на основе алгоритма обработки обращений к молекулярно-биологическим информационным ресурсам (ГК №903 от 26.05.2010).

Сотрудники


Разработки

  1. Программный комплекс анализа текстов (http://195.178.207.138/projects/!obolochka/start.py)
  2. База данных масс-спектрометрических измерений белков хромосомы 18 (http://pikb18.ibmc.msk.ru/)

Публикации


Журнальные статьи
2013

  1. E.A. Ponomarenko, A.T Kopylov, A.V. Lisitsa et al., Chromosome 18 TranscriptoProteome of Liver Tissue and HepG2 Cells and Targeted Proteome Mapping in Depleted Plasma: Update 2013. Journal of proteome research (2013), Just Accepted.
  2. А.И. Арчаков, Е.А. Карпова, Е.А. Пономаренко. Международные критерии эффективности научно-исследовательской деятельности коллективов и отдельных ученых в области биологии и медицины. Вестник Российской Академии Медицинских наук (2013)
  3. E.V. Poverennaya, N.A. Bogolubova, E.A. Ponomarenko, A.V. Lisitsa, A.I. Archakov. GenoCMS — The Content Management System for genes and proteins. Proteomics and Bioinformatics (2013), V 6. P.176-182.
  4. Victor G. Zgoda, Arthur T. Kopylov, Olga V. Tikhonova, Alexander A. Moisa, Nadezhda V. Pyndyk, Tatyana E. Farafonova, Svetlana E. Novikova, Andrey V. Lisitsa, Elena A. Ponomarenko, Ekaterina V. Poverennaya, Sergey P. Radko, Svetlana A. Khmeleva, Leonid K. Kurbatov, Aleksey D. Filimonov, Nadezhda A. Bogolyubova, Ekaterina V. Ilgisonis, Aleksey L. Chernobrovkin, Alexis S. Ivanov, Alexei E. Medvedev, Yury V. Mezentsev, Sergei A. Moshkovskii, Stanislav N. Naryzhny, Elena N. Ilina, Elena S. Kostrjukova, Dmitry G. Alexeev, Alexander V. Tyakht, Vadim M. Govorun, Alexander I. Archakov, Chromosome 18 transcriptome profiling and targeted proteome mapping in depleted plasma, liver tissue and HepG2 cells, Journal of proteome research, 2013, vol:12, pages:123-134
  5. Ponomarenko E, Baranova A, Lisitsa A, Albar JP, Archakov A, The Chromosome-Centric Human Proteome Project at FEBS Congress, Proteomics, 2013, vol:nov28, pages:0-0
  6. Naryzhny SN, Lisitsa AV, Zgoda VG, Ponomarenko EA, Archakov AI, 2DE-based approach for estimation of number of protein species in cell, Electrophoresis, 2013, vol:Nov 20, pages:0-0
  7. Иванов А.С., Ершов П.В., Мезенцев Ю.А., Поверенная Е.В., Лисица А.В., Арчаков А.И., Протоколы белковой интерактомики: молекулярный фишинг на оптических чипах и магнитных наночастицах, Биоорганическая химия, 2013, том:59(2), стр:171-182

2012

  1. Евдокимов П.А., Пономаренко Е.А., Аверчук В.В., Кудрявцев А.М. Проект Bioknol: социальная сеть для молекулярных биологов. Интеграл, №3(65) 2012, 16-17
  2. Поверенная Е.В., Боголюбова Н.А., Булко Н.Н., Филимонов А.Д., Ромашова Ю.А. Объектно-ориентированная информационная система для визуализации, хранения и обработка молекулярно-биологических данных. Интеграл, №3(65) 2012
  3. Ponomarenko E, Poverennaya E, Pyatnitskiy M, Lisitsa A, Moshkovskii S, Ilgisonis E, Chernobrovkin A, Archakov A, Comparative Ranking of Human Chromosomes Based on Post-Genomic Data, Omics : a journal of integrative biology, 2012,Sep 11
  4. Федорова А.А., Ильгисонис Е.В., Бурнышова К.М., Мирошниченко Ю.В., Пономаренко Е.А., Мета-анализ публикаций в области молекулярных механизмов развития болезни Альцгеймера, Интеграл, 2012, том:3(65), стр:24-26
  5. Zgoda VG, Kopylov AT, Tikhonova OV, Moisa AA, Pyndyk NV, Farafonova TE, Novikova SE, Lisitsa AV, Ponomarenko EA, Poverennaya EV, Radko SP, Khmeleva SA, Kurbatov LK, Filimonov AD, Bogolyubova NA, Ilgisonis EV, Chernobrovkin AL, Ivanov AS, Medvedev AE, Mezentsev YV, Moshkovskii SA, Naryzhny SN, Ilina EN, Kostrjukova ES, Alexeev DG, Tyakht AV, Govorun VM, Archakov AA, Chromosome 18 Transcriptome Profiling and Targeted Proteome Mapping in Depleted Plasma, Liver Tissue and HepG2 Cells, Journal of proteome research, 2012, vol:12(1), pages:123-134
  6. Archakov, A.; Zgoda, V.; Kopylov, A.; Naryzhny, S.; Chernobrovkin, A.; Ponomarenko, E.; Lisitsa, A., Chromosome-centric Approach to Overcoming Bottlenecks in the Human Proteome Project, Expert Review of Proteomics, 2012, vol:9(6), pages:667-676
  7. Kotelnikova E, Shkrob MA, Pyatnitskiy MA, Ferlini A, Daraselia N, Novel approach to meta-analysis of microarray datasets reveals muscle remodeling-related drug targets and biomarkers in Duchenne muscular dystrophy, PLoS computational biology, 2012, vol:8(2), pages:e1002365
  8. O.Tsoy, M.Pyatnitskiy, M. Kazanov, M. Gelfand, Evolution of transcriptional regulation in closely related bacteria, BMC Evolutionary Biology, 2012, vol:12(1), pages:200-200
  9. S. Ivanov, P. V. Ershov, Yu. V. Mezentsev, E. V. Poverennaya, A. V. Lisitsa, and A. I. Archakov, Protocols of Protein Interactomics: Molecular Fishing on Optical Chips and Magnetic Nanoparticles, Biomedical Chemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry., 2012, vol:6(2), pages:199-106

2010

  1. Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Ильгисонис Е.В., Арчаков А.И. Конструирование семантических сетей белков с использованием PubMed/Medline. Молекулярная биология, 2010, 44 (1), 152-161 [PMID:20198869]

2009

  1. Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Петрак Ж., Мошковский С.А., Арчаков А.И. Выявление дифференциально-экспрессирующихся белков с использованием автоматического мета-анализа протеомных публикаций. Биомедицинская химия, 2009, 55 (1), 5-14 [PMID:19351029].
  2. Пятницкий M.А., Лисица А.В., Арчаков А.И. Предсказание взаимосвязанных белков методами сравнительной геномики in silico. Биомедицинская химия, т.55(3), С.230-246., 2009
  3. Пятницкий M.А., Лисица А.В., Арчаков А.И. Сравнение алгоритмов предсказаний взаимосвязанных белков на примере метода филогенетических профилей. Биомедицинская химия, т.55(5), С.534-538, 2009
  4. MA Pyatnitskii, AV Lisitsa, SA Moshkovskii, NE Arnotskaya, BB Akhmedov, DG Zaridze, BE Polotskii VE Shevchenko Differential diagnostics of squamous cell lung carcinoma by means of the mass spectrometry profiling of blood plasma. Journal of Analytical Chemistry, 2011, Vol. 66, No. 14, pp. 1369–1375.
  5. Пономаренко Е.А., Ильгисонис Е.В., Лисица А.В. Технологии знаний в протеомике. Биоорганическая химия 2011 37(2):190-8. [PMID:21721252]
  6. Moshkovskii SA, Sokolova EE, Brattseva EV, Karpova MA, Pyatnitskiy MA, Kubanova AA, Archakov AI. Proteome and cytokine serum profiling to diagnose a mycosis fungoides. Proteomics Clin Appl. 2011 Aug;5(7-8):432-9. doi: 10.1002/prca.201000165. Epub 2011 Jul 13.
  7. Ромашова Ю.А., Пономаренко Е.А., Евдокимов П.А., Щербаков А.Ю., Лисица А.В., Арчаков А.И. База знаний как инструмент для мониторинга постгеномных медико-биологических исследований. Вестник Российской АМН, №8, 2011, 20-23.
  8. Поверенная Е.В., Лисица А.В., Петров А.Н., Макаров А.А., Лузгина Н.Г. Статистический анализ итогов конкурсов на выполнение научно-исследовательских работ по приоритетному направлению «Живые системы». Acta Naturae, том 3 №4(11) 2011;
  9. Petushkova NA, Pyatnitskiy MA, Lisitsa AV, Larina OV, Kuznetsova GP, Skipenko OG, Karuzina II, Archakov AI. Computational approach to characterization of human liver drug-metabolizing enzymes. Eur J Pharm Sci. Oct 9;41(2):305-11, 2010
  10. M. Pyatnitskiy, M. Karpova, S. Moshkovskii, A. Lisitsa, A. Archakov Clustering Mass Spectral Peaks Increases Recognition Accuracy and Stability of SVM-based Feature Selection. J Proteomics Bioinform, 3, 048-054, 2010
  11. Ulukaya E, Yilmaz Y, Moshkovskii S, Karpova M, Pyatnitskiy M, Atug O, Dolar E, Scand Proteomic analysis of serum in patients with non-alcoholic steatohepatitis using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. J Gastroenterol., 44(12):1471-1476, 2009
  12. Semenova E, Nagornykh M, Pyatnitskiy M, Artamonova I, Severinov K. Analysis of CRISPR system function in plant pathogen Xanthomonas oryzae., FEMS Microbiol Lett., 296(1):110-6, 2009

Партнеры

  • The University of Michigan, Department of pathology (Prof. Alexey Nesvizhskii)
    Сотрудничество в области предсказания белковых взаимодействий in silico
  • The Taiwan Proteomic Society (Prof. Yu-Ju Chen)
    Сотрудничество в области предсказания внутриклеточной локализации белков
  • OOO “Технологии знаний”
    Разработка программного обеспечения для анализа обращений к молекулярно-биологическим информационным ресурсам