Лаборатория микросомального окисления

Статистика научной деятельности


О лаборатории

Основные направления исследований

  • Инвентаризация мембранных и растворимых белков клеток печени человека с использованием биохимических методов анализа, одномерного (1D) и двумерного (2D) электрофореза, масс-спектрометрии, и биоинформатики.
  • Исследование профиля цитохромов Р450 в микросомальной фракции печени для разработки новых диагностических тестов.
  • Анализ и внесение в Базу знаний (CPD) информации о структуре, функции, мутациях, субстратах, ингибиторах, индукторах по различным надсемействам цитохромов Р450.

Научно-исследовательская работа: pазработка метода построения одномерных протеомных карт (1D-ПК) на основе данных масс-спектрометрической идентификации белков в срезах одномерного гель- электрофореза в области 45-66 кДа.

Методы

  1. Получение с помощью ультрацентрифугирования высокоочищенных микросомальных мембран.
  2. Одномерный и двумерный электрофорез.
  3. Триптический гидролиз белка в полиакриламидном геле и масс-спектрометрический анализ.
  4. Определение функциональной активности цитохромов Р450 с маркерными субстратами спектральными и флуорометрическими методами.

Тел.: +7 (499) 255-39-60

Сотрудники


Проекты

  • Участие в проекте № 01.648.12.3004 «Разработка методологии и создание средств контроля для оценки безопасности действия наноматериалов на аппарат наследственности».
  • Проведение одномерного протеомного картирования на модели эмбрионов рыбы вида Danio rerio (зебрафиш) после обработки рыб наночастицами (нанофосфолип, доксолип, липофуллерены).
  • Завершенный проект № 2007-2-1.2-04-01-313 совместно с Российским научным центром хирургии имени академика Б.В.Петровского РАМН «Идентификация белковых маркеров колоректального рака, метамтазирующего в печень, с использованием комплексного протеомного подхода»

Результаты

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

Проведена идентификация цитохромов Р450 микросом печени человека с помощью масс-спектрометрического анализа. Показана эффективность использования комбинации различных методов протеомного анализа, которые включали разделение белков с помощью одномерного электрофореза и молекулярное сканирование участка геля в дипазоне 45-66 кДа, т.е область соответствующая молекулярной массе цитохромов Р450- ферментов, ответственных за метаболизм лекарств и ксенобиотиков. Масс-спектрометрическое сканирование позволило разделить формы цитохрома Р450 и представить их в виде отдельных белковых профилей. Идентифицированы и функционально охарактеризованы 13 микросомальных мебранных белков, включая 11 форм цитохромов Р450: 1А2, 1В1, 2А6, 2Е1, 2С8, 2С9, 2С10, 2D6, 3А4, 4А11, 4F2. Обнаружены различия в функциональной активности цитохромов Р450 с маркерными субстратами в норме и при патологии (колоректальный рак, метастазирующий в печень). Показана эффективность использования комбинации протеомного и биохимического анализов для инвентаризации цитохромов Р450 и выявления уровня их экспрессии.

Оборудование

Приборная база

  • Спектрофотометры: Hewlett Packard, Carry-100
  • Флюориметр: Perkin Elmer
  • Mini Protean 3 cell, Bio Rad
  • Денситометр для сканирования гелей , PowerLook 2100XL( c программным обеспечением Melani, Protey)
  • Програмное обеспечение для идентификации белков (FlexAnalys, Massсot, Profaund)

Публикации


2017

  1. The Annual Scientific Meeting “CLINICAL PROTEOMICS. POSTGENOME MEDICINE”, 30 OCT — 1 NOV 2017, Moscow, Russia
  2. Rusanov A.L., Petushkova N.A., Poverennaya E.V., Nakhod K.V., Larina O.V., Lisitsa A.V., Luzgina N.G., Proteomic profiling of HaCaT keratinocytes exposed to skin damaging detergents, Biomeditsinskaya khimiya, 2017, vol:63(5), 405-412. DOI: 10.18097/PBMC20176305405
  3. ОБЪЕДИНЁННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ПО БИООРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ «XII ЧТЕНИЯ ПАМЯТИ АКАДЕМИКА ЮРИЯ АНАТОЛЬЕВИЧА ОВЧИННИКОВА» VIII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ» Москва, Россия 18–22 сентября 2017
  4. Н.А. Петушкова, А.Л. Русанов, В.Г. Згода, М.А. Пятницкий, О.В. Ларина, К.В. Наход, Н.Г. Лузгина, А.В. Лисица «ПРОТЕОМ КЕРАТИНОЦИТОВ ЧЕЛОВЕКА ЛИНИИ НАСАТ: ИДЕНТИФИКАЦИЯ БЕЛКОВ ОКИСЛИТЕЛЬНОГО СТРЕССА ПРИ ВОЗДЕЙСТВИИ ДОДЕЦИЛСУЛЬФАТА НАТРИЯ» МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ, 2017, том 51, № 5, с. 857–869.
  5. Post-translational modifications of FDA-approved plasma biomarkers in glioblastoma samples. Petushkova NA, Zgoda VG, Pyatnitskiy MA, Larina OV, Teryaeva NB, Potapov AA, Lisitsa AV. PLoS One. 2017 May 11;12(5):e0177427. doi: 10.1371/journal.pone.0177427. eCollection 2017 выполнена при поддержке гранта РНФ № 16-44-03007 (Згода В.Г.)
  6. Изменения в протеоме кератиноцитов линии HaCaT при воздействии цитотоксического вещества Тритон Х-100. А.Л.Русанов, К.В.Наход, В.И.Наход, Е.А.Поверенная, Н.А.Петушкова, Н.Г.Лузгина. БЮЛЛЕТЕНЬ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЫ. 2017 г., Том 163, № 5, с. 274-277 выполнена при поддержке Министерства образования и науки РФ в рамках ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 г» (соглашение № 14.607.21.0129, RFMEFI60715X0129).

2016

  1. Comparative proteome analysis of blood plasma of patients with early-stage chronic cerebral ischemia. Kisrieva YS, Petushkova NA, Samenkova NF, Kuznetsova GP, Larina OV, Zavialova MG, Teryaeva NB, Belyaev AY, Karuzina II. Biomed Khim. 2016 Jul; 62(5):599-602. doi: 10.18097

2015

  1. Identification of Central Nervous System Proteins in Human Blood Serum and Plasma. Miroshnichenko YV, Petushkova NA, Teryaeva NB, Lisitsa AV, Zgoda VG, Belyaev AY, Potapov AA. Bull Exp Biol Med. 2015 Nov; 160(1):35-9. doi: 10.1007/s10517-015-3092-5. Epub 2015 Nov 26.
  2. Plasma preparation to measure FDA-approved protein markers by selected reaction monitoring. Kiseleva OI, Romashova YA, Moskaleva NE, Petushkova NA, Teryaeva NB, Belyaev AY, Lisitsa AV. Clin Transl Med. 2015 Dec;4(1):32. doi: 10.1186/s40169-015-0071-4. Epub 2015 Oct 15.
  3. Analysis of proteomic profile changes of zebrafish embryos during exposure to doxorubicin, built-in the phospholipid transport nanosystem. Samenkova NF, Kisrieva YS, Petushkova NA, Kuznetsova GP, Larina OV, Trifonova OP, Karuzina II, Ipatova OM, Lisitsa AV. Biomed Khim. 2015 May-Jun;61(3) : 350-6. doi: 10.18097
  4. The possibility of using PlasmaDeepDive™ MRM panel in clinical diagnostics. Miroshnichenko IuV, Petushkova NA, Moskaleva NE, Teryaeva NB, Zgoda VG, Ilgisonis EV, Belyaev AY. Biomed Khim. 2015 Mar-Apr;61(2):272-8. doi: 10.18097
  5. One-dimensional proteomic profiling of Danio rerio embryo vitellogenin to estimate quantum dot toxicity. Petushkova NA, Kuznetsova GP, Larina OV, Kisrieva YS, Samenkova NF, Trifonova OP, Miroshnichenko YV, Zolotarev KV, Karuzina II, Ipatova OM, Lisitsa AV. Proteome Sci. 2015 May 2;13:17. doi: 10.1186/s12953-015-0072-7. eCollection 2015.
  6. Atomic force microscopy monitoring of temperature dependence of cytochrome BM3 oligomeric state. Bukharina NS, Ivanov IuD, Pleshakova TO, Frantsuzov PA, Ivanova ND, Krokhin NV, Petushkova NA, Archakov AI. Biofizika. 2015 Jan-Feb;60(1):80-7.

2014

  1. Applying of hierarchical clustering to analysis of protein patterns in the human cancer-associated liver. Petushkova NA, Pyatnitskiy MA, Rudenko VA, Larina OV, Trifonova OP, Kisrieva JS, Samenkova NF, Kuznetsova GP, Karuzina II, Lisitsa AV. PLoS One. 2014 Aug 1;9(8):e103950. doi: 10.1371/journal.pone.0103950. eCollection 2014.
  2. Effects of fullerene C60 on proteomic profile of Danio rerio fish embryos. Kuznetsova GP, Larina OV, Petushkova NA, Kisrieva YS, Samenkova NF, Trifonova OP, Karuzina II, Ipatova OM, Zolotaryov KV, Romashova YA, Lisitsa AV. Bull Exp Biol Med. 2014 Mar;156(5):694-8. doi: 10.1007/s10517-014-2427-y. Epub 2014 Mar 25.

2012

  1. Producing a one-dimensional proteomic map for human liver cytochromes p450. Petushkova NA, Lisitsa AV. Methods Mol Biol. 2012; 909:63-82. doi: 10.1007/978-1-61779-959-4_5.

2011

  1. Study of proteomic profile of Danio rerio embryos using one-dimensional electrophoresis and mass spectrometry. Kisrieva IuS, Petushkova NA, Chernobrovkin AS, Larina OV, Trifonova OP, Samenkova NF, Kuznetsova GP, Karuzina II, Kashirtseva VN, Beliaeva NF, Lisitsa AV. Biomed Khim. 2011 Nov-Dec; 57(6):593-603.
  2. Selection of the peptide mass tolerance value for the protein identification with peptide mass fingerprinting. Chernobrovkin AL, Trifonova OP, Petushkova NA, Ponomarenko EA, Lisitsa AV. Bioorg Khim. 2011 Jan-Feb;37(1):132-6

2010

  1. Fluorescence-based determination of enzyme activity of recombinant CYPS1B1 (sterol 14alpha-demethylase) with coumarin derivatives. Petushkova NA, Lisitsa AV, Pozdnev VF, Karuzina II. Biomed Khim. 2010 Jan-Feb;56(1):132-7
  2. Computational approach to characterization of human liver drug-metabolizing enzymes. Petushkova NA, Pyatnitskiy MA, Lisitsa AV, Larina OV, Kuznetsova GP, Skipenko OG, Karuzina II, Archakov AI. Eur J Pharm Sci. 2010 Oct 9;41(2):305-11. doi: 10.1016/j.ejps.2010.06.014. Epub 2010 Jul 3.
  3. Application of slicing of one-dimensional gels with subsequent slice-by-slice mass spectrometry for the proteomic profiling of human liver cytochromes P450. Lisitsa AV, Petushkova NA, Thiele H, Moshkovskii SA, Zgoda VG, Karuzina II, Chernobrovkin AL, Skipenko OG, Archakov AI. J Proteome Res. 2010 Jan; 9(1):95-103. doi: 10.1021/pr900262z.

2009

  1. Лисица А.В., Петушкова Н.А., Никитин И.П., Згода В.Г., Карузина И.И, Мошковский С.А., Ларина О.В., Скипенко О.Г., Полищук Л.О., Тиле Г, Арчаков А.И. Одномерное протеомное картирование цитохромов Р450 печени человека, Биохимия, 2009, т. , 74 в. 2, стр.190-200.
  2. A.V.Lisitsa , N.A.Petushkova, I.P.Nikitin, V.G.Zgoda, I.I.Karuzina, S.A.Moshkovskii, O.V.Larina, O.G.Skipenko, L.O. Polyschuk, H.Thiele, A.I.Archakov One-Dimensional Proteomic Mapping of Human Liver Cytochromes P450. Biochemistry (Moscow) , 2009, vol.74, №2, pp.153-161.
  3. A.V. Lisitsa, N.A.Petushkova, Н Thiele, S.A.Moshkovskii, V.G.Zgoda, Irina Karuzina, A.L.Chernobrovkin, O.G.Skipenko, Alexander Archakov. Application of Slicing of One-Demensional Gels with Subsequent Slice-by-Slice Mass Spectrometry for the Proteomic Profiling of Human Liver Cytochromes P450. J. of PROTEOME RESEARCH,принято в печать, доступна Medline.

2008

  1. Арчаков А.И., Лисица А.В., Петушкова Н.А., Карузина И.И. (обзор) Цитохромы Р450, лекарственная болезнь и персонифицированная медицина, часть I, Клиническая медицина, 2008, т.86, №2, сс.4-8.
  2. Арчаков А.И., Лисица А.В., Петушкова Н.А., Карузина И.И. (обзор) Цитохромы Р450, лекарственная болезнь и персонифицированная медицина, часть II, Терапевтический лекарственный мониторинг как метод оценки активности монооксигеназной системы», Клиническая медицина, 2008, т.86, №3, сс.4-6.
  3. N.A.Petushkova, A.V.Lisitsa, I.I.Karuzina, V.G.Zgoda, G.F.Sheremetyeva, N.F.Samenkova, I.P.Nikitin, T.A.Sakharova, A.T.Kopylov, A.I.Archakov. Identification of Human Liver Cytochromes P450 by using Maldi-Tof mass Spectrometry, Biomedical Chemistry, 2008, v.2, N1, pp.47-54.

2007

  1. Петушкова Н.А., Лисица А.В., Карузина И.И., Згода В.Г., Саменкова Н.Ф., Никитин И.П., Сахарова Т.А., Копылов А.Т., Арчаков А.И. Идентификация цитохромов Р450 микросом клеток печени человека с помощью масс-спектрометрии. Биомедицинская химия 2007, т.53, в.4, с.400-411.
  2. Шумянцева В.В., Булко Т.В., Кузнецова Г.П., Лисица А.В., Пономаренко Е.А., Карузина И.И., Арчаков А.И. Электрохимическое восстановление стерол-14-альфа- деметилазы Mycobacterium Tuberculosis (CYP51b1). Биохимия, 2007, т.72, в.6, сс.805-811.
  3. V.V.Shumyantseva, T.V,Bulko, Yu.Rudakov, G.P.Kuznetsova, N.F. Samenkova, A.V.Lisitsa, I.I.Karuzina, A.I.Archakov. Electrochemical properties of cytochromes P450 using nanostructured elrctrodes: Direct electron transfer and electrocatalysis. J. Inorganic Biochemistry, 2007, v. 101, pp.859-865.

2006

  1. N.A.Petushkova, I.P.Kanaeva, A.V.Lisitsa, V.G.Zgoda, N.F. Samenkova, I.I.Karuzina, A.I.Archakov. Characterization of human liver cytochromes P450 by combining the biochemical and proteomic approaches. Toxicology in vitro, 2006, 20, pp.966-974.

2005

  1. I.P.Kanaeva, N.P.Petushkova, A.V.Lisitsa, P.G.Lokhov, I.I.Karuzina, A.I.Archakov. Proteomic and biochemical analysis of the mouse liver microsomes. Toxicology in vitro, 2005, v.19, pp.805-812.
  2. Петушкова Н.А., Канаева И.П., Згода В.Г., Лохов П.Г., Лисица А.В., Арчаков А.И. Использование протеомных технологий для выявления и идентификации цитохромов Р450 микросом клеток печени. Иммунология, аллергология, 2005, №8, стр.120-125.

Партнеры

  • Институт медико-биологических проблем
  • Российский научный центр хирургии РАМН
  • Bruker Daltonics Gmbh, Germany